En diciembre de 1547 fue incendiada por un ejército inglés y más tarde, en 1559, dañada por protestantes escoceses.
[3] La abadía fue incendiada por un ejércio inglés a las órdenes del Conde de Hertford en 1547 pero se recosntruyó rápidamente.
En 1560 sufrió daños más importantes a manos de los protestantes durante la Reforma Escocesa.
La abadía entró en declive y en 1605 fue otorgada a sir James Elphinstone, 1.er Lord Balmerino.
En 1910 el propietario de los terrenos donde se asienta la abadía contrató a Francis William Deas para supervisar el edificio y llevar a cabo un programa de reparaciones y consolidación del mismo.