La derrota árabe en la guerra fue un factor causante del golpe militar dirigido por Husni al-Za'im, que tuvo lugar en 1949.
Za’im había llevado previamente al dirigente del SSNP Antun Saadeh a las autoridades libanesas, que lo habían juzgado y ejecutado por pretender destruir el Estado moderno del Líbano.
Hinnawi se convirtió en jefe de Estado Mayor del Ejército sirio.
También había arrestado a todos los políticos proiraquíes de Siria, incluidos los dirigentes del Partido Popular, Nazim al-Kudsi y Rushdi al-Kikhya.
Como protesta, Atassi dimitió del Gobierno y se trasladó a la oposición.
Era un experto orador y se apoyó enormemente en la radio para transmitir sus discursos a la población siria.
A mediados de 1953 Shishakli convocó unas elecciones para hacerse presidente, pero para entonces estaba afrontando una disidencia creciente.
En 1954, recurrió al bombardeo de posiciones drusas para sofocar la resistencia a su régimen.
Shishakli, aunque tentado por estas ofertas de armas y dinero occidentales, no las aceptó.
Se había celebrado la conferencia anti-Shishakli más grande en casa de Atassi en Homs.
Dirigiendo el movimiento anti-Shishakli se encontraban el antiguo presidente Atassi y el veterano dirigente druso Sultan al-Atrash.
El descontento creciente condujo finalmente a otro golpe, en el que Shishakli fue derrocado en febrero de 1954.
El golpe fue frustrado por la inteligencia siria y Shishakli fue sentenciado a muerte in absentia.