Posee una tipología subterránea con 2 andenes laterales y dos vías.
Posee un vestíbulo intermedio, y acceso mediante escaleras y escaleras mecánicas, como así también servicio de Wi-Fi público.
En 1997 esta estación fue declarada Monumento Histórico Nacional.
[1] La estación Agüero no posee los murales comparativos de la Argentina del siglo XIX y la del siglo XX que caracterizan a sus contemporáneas de la primera sección de la línea inaugurada por la CHADOPyF.
En contraste, el mural del andén con dirección a Catedral muestra el Camino a Córdoba del Tucumán con la sociedad española ya asentada en el territorio argentino, alrededor de los siglos XVIII y XIX.