Estos tenían la misión de pacificar la isla y extender el Cristianismo.
En el siglo XVIII Agat era una de las 6 poblaciones de Guam, y el entonces gobernador Villalobos comenzó un plan urbanístico para convertirla en capital isleña, proyecto nunca realizado.
Tras la cesión de Guam a Estados Unidos tras la guerra Hispano-Estadounidense y la nueva división administrativa de la isla, Agat quedó convertida en municipio.
Durante la Segunda Guerra Mundial, entre 1941 y 1944, Japón ocupó Guam.
Tras la guerra los marines construyeron un nuevo centro residencial algo más al sur de la población original, destinado a personas sin hogar por culpa de la guerra.7 Agat cuenta con dos escuelas, la Marcial Sablan Elementary School y la Oceanview Middle School, parte del servicio educativo público de la isla.