[2][4] Guevara conoció a Alfonso Bauer cuando éste lo hospedó en su casa de habitación; Bauer no tenía mucho tiempo para atender a su visitante, pues estaba ocupado con sus tareas de gobierno y con la inminente intervención estadounidense en Guatemala;[5][6][7][8] en las contadas ocasiones en que veía a Guevara, siempre lo encontraba leyendo.
[9] Después de la contrarrevolución y posterior derrocamiento del presidente Arbenz en 1954 el nuevo gobierno guatemalteco no permitió la salida de los exiliados en la embajada de México por varias semanas;[1] cuando por fin dejó salir a los exiliados en la embajada de México, Bauer nuevamente albergó a Guevara en la casa donde se encuentra junto con otros miembros del gobierno arbencista, entre ellos Carlos Gonzáles Orellana,[2] Bauer fue testigo de cómo Guevara y Fidel Castro se conocieron México; contaba que él solamente miraba que entraba un hombre alto -Castro- y preguntaba por Ernesto, y salían los dos juntos.
[1] Al ser miembro del Consejo Superior Universitario fue nombrado junto a otros dos profesionales -Oscar Adolfo Mijangos López y Julio Camey Herrera- para integrar una comisión que estudiara las concesiones ilegales de níquel[a] que preparaba el gobierno del coronel Carlos Manuel Arana Osorio.
[1] En mayo de 1971, salió nuevamente al exilio; esta vez fue a Chile en donde fue asesor del presidente Salvador Allende.
Es importante además, señalar que igual, que el presidente Salvador Allende de Chile, Alfonso Bauer había sido "iniciado" en la Francmasonería regular, siendo sus valores republicanos, progresistas y democráticos, un pilar moral de sus luchas populares y socialistas.