Fundado por Dmitri Perevóschikov, su construcción duró exactamente un año, inaugurándose en 1831.
Desde 1920 pasó a formar parte del Instituto de Investigación Astronómico y Geodésico (AGNIA), recibiendo el nombre de Observatorio Shtérnberg como homenaje póstumo al astrónomo y dirigente del Ejército Rojo Pável Shtérnberg, fallecido en 1920.
Durante los 11 años siguientes, se asignaron numerosas instituciones de investigación astronómica de la URSS al observatorio, dando lugar a la creación en 1931 del Instituto Astronómico Estatal Shtérnberg.
Las últimas observaciones científicas en el antiguo observatorio se llevaron a cabo en la década de 1990.
Posteriormente pasó a denominarse "Laboratorio de Krasnoprésnenskaia" dentro de la organización del Instituto Astronómico Estatal Shtérnberg.