Destacó especialmente por su labor como escritor y teólogo.
Se ganó una reputación como gran predicador, lo que, junto con los méritos propios y de su familia, le valió ser nombrado obispo de Michoacán en 1566 durante el papado Pío V.
[3]En esta posición, se destacó por sus innovaciones en el canto de los oficios litúrgico-musicales de la Semana Santa.
Antonio Ruiz de Morales y Molina también fue un prolífico escritor.
En 1998, la Universidad Nacional Autónoma de México publicó un poema latino suyo recién descubierto entonces.