Toda la familia se trasladó a Nueva España junto con el virrey Antonio de Mendoza en 1535, cuando Juan era aún un niño.
Según el acta de su profesión religiosa, se sabe que Medina Rincón residía en Medina del Campo, y no en Segovia, como algunos historiadores han afirmado erróneamente.
En 1563, renunció y se unió a un convento más tranquilo en Acatlán, Puebla, donde también fue prior.
[2] Con el fin de instruir a sus diocesanos como católico, aprendió la lengua tarasca.
Es autor de la primera biografía del misionero agustino Juan Bautista Moya, su maestro y guía espiritual.