[1][2][3] Una vez que le llegaron las bulas respectivas, se embarcó para América.
Tal fue la destrucción, que la ciudad debió reubicarse hacia una zona llamada El Ancón, hoy Casco Antiguo de Panamá.
Si bien continuaron las incursiones de los piratas en la costa, la ciudad se vio más protegida al haberse trasladado hacia un lugar más seguro y al haberse avanzado bastante la construcción de la muralla.
Instaló una escuela pública en el convento de la Compañía, que acogió a niños pobres.
En 1684 inauguró el segundo sínodo diocesano, que rigió hasta la época republicana.
Dejó su nutrida biblioteca al clero, para lo cual se construyó un salón en la catedral.