La Arqueológía en El Salvador está constituida por toda la evidencia y vestigios humanos de épocas pasadas encontrados en la República de El Salvador que han sido estudiados científicamente.
En El Salvador existieron varias poblaciones indígenas a lo largo de todo el territorio; siendo las principales los mayas, nahuas y lencas.
En la región central se encuentran el sitio arqueológico San Andrés y Joya de Cerén.
Este último, fue declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad, ya que ahí se encontraron restos de una aldea que fue sepultada por ceniza volcánica, producto de la erupción del volcán Loma Caldera , también aquí hay un museo con artefactos encontrados durante las excavaciones.
Al Oriente, se encuentran el sitio arqueológico Quelepa en el departamento de San Miguel.