La arquidiócesis de Kota Kinabalu (en latín: Archidioecesis Kotakinabaluen(sis), en malayo: Keuskupan Agung Kota Kinabalu y en inglés: Roman Catholic Archdiocese of Kota Kinabalu) es una circunscripción eclesiástica latina de la Iglesia católica en Malasia, sede metropolitana de la provincia eclesiástica de Kota Kinabalu.
La arquidiócesis tiene 4993 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en el estado de Sabah y en el territorio federal de Labuán.
La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: Keningau y Sandakan.
La misión no tuvo éxito, porque el sultán de Banjarmasin prohibió a todos los extranjeros entrar en el interior de la isla.
[5] El 31 de mayo de 1976 fue elevado a diócesis con la bula Quoniam Deo favente del papa Pablo VI.