La diócesis de Sandakan (en latín: Dioecesis Sandakanen(sis), en malayo: Keuskupan Sandakan y en inglés: Roman Catholic Diocese of Sandakan) es una circunscripción eclesiástica latina de la Iglesia católica en Malasia, sufragánea de la arquidiócesis de Kota Kinabalu.
La diócesis tiene al obispo Julius Dusin Gitom como su ordinario desde el 16 de julio de 2007.
La diócesis tiene 43 110 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en las divisiones Sandakan y Tawau del estado de Sabah.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Sandakan, en donde se halla la Catedral de Santa María.
La diócesis fue erigida el 16 de julio de 2007 con la bula Missionalem per navitatem del papa Benedicto XVI, obteniendo el territorio de la diócesis de Kota Kinabalu (hoy arquidiócesis).