El Autogobierno de Estonia estaba subordinado a la administración del Generalbezirk Estland y sus directores fueron designados por el jefe del Generalbezirk, el Comisario-General Karl-Siegmund Litzmann.
Por ejemplo, los Directores ejercieron sus poderes de conformidad con las leyes y reglamentos de la República de Estonia, pero solo en la medida en que éstos no hayan sido derogados o modificados por el mando militar alemán.
La autonomía del Directorio, en particular, les permitió mantener estructuras policiales que cooperaron con los alemanes en la detención y el asesinato de judíos estonios y romaníes, y en buscar y matar a estonios considerados opositores de los ocupantes, y que finalmente fueron incorporados a la Policía de Seguridad.
También se extendió al reclutamiento ilegal de estonios para trabajos forzados o para el servicio militar bajo mando alemán.
[1]La Comisión llegó a la conclusión de que los altos funcionarios del Directorio, en virtud de su cargo, comparten la responsabilidad con las autoridades alemanas de todas las acciones delictivas llevadas a cabo en Estonia y más allá de sus fronteras por unidades militares o batallones policiales formados con su consentimiento.