Tiene origen colonial y su población es de habla tseltal (lengua perteneciente a la familia maya).
Bachajón fue una zona que a los españoles les costó mucho trabajo conquistar.
Los lacandones y pochutlas, que no habían sido conquistados por los españoles, atacaron Bachajón en 1552.
[12] Este personaje fue expulsado de Bachajón y, como tenía amigos en Cancuc, pasó a vivir en ese pueblo.
Este último personaje dio lugar a muchas historias orales que actualmente se siguen contando en el pueblo.
El plano demarca que los límites pasan por Xelalha' al mojón Pojol wits y cruza por la iglesia del pueblo en línea recta.
En 1949 llegaron a Bachajón las primeras misioneras protestantes: Mariana Slocum y Florencia Gerdel.
La primera comunidad donde las misioneras predicaron fue Paxilha', con un señor de nombre Santiago Gómez Hernández, con quien Mariana Slocum tenía contacto.
Ambas celebraban reuniones para enseñar el Evangelio y al mismo tiempo capacitaban a otros en el conocimiento de la medicina.
El provincial Luis Mendoza Guízar, el sacerdote Daniel García de Alba y el obispo Lucio Torreblanca determinaron que esta localidad se tomara como cabecera por ser un poblado importante y con mayor presencia de indígenas.
[23] Los primeros jesuitas que llegaron a Bachajón fueron Daniel García de Alba, Indalecio Chagolla, José Blanco y Jorge Díaz Olivares.
En Bachajón, un año antes, en septiembre de 1973, los indígenas, junto con los jesuitas, empezaron a organizarse en toda la región, rancherías, comunidades y ermitas.
En 1995, con el partido del PRD, el Dr. Manuel Gómez Moreno logró derrotar al PRI; aunque en 1998 había regresado el PRI a la presidencia, a partir de 2002 nuevamente dos bachajontecos ganaron la presidencia municipal, el primero fue el profesor Andrés Hernández Méndez, y en 2005 tomó el cargo el profesor Sebastián Hernández Álvarez.
En 2008 el PRI nuevamente ganó las elecciones, pero en 2011 logró llegar otro profesor llamado Fernando Cruz Pérez, perteneciente al ejido de San Jerónimo.
En la actualidad permanece en el poder como alcalde el Ing. Carlos Idelfonso Gimenez Trugillo por el partido Morena, que entró en 2018-2021 en ese periodo.
La mayor parte de la población se dedica al sector económico terciario.