Burlerías[3] (María Pagés, 1996) con el que la artista logró el Premio Nacional de Coreografía;[4] Bodas de sangre, de Federico García Lorca (coreografía de Antonio Gades, 2002) o Yerma en 2003, espectáculo con el que Cristina Hoyos consiguió el premio Max a la Mejor Intérprete Femenina de Danza.
Como compañía pública es un proyecto cultural que genera oportunidades para creadores y explora nuevos talentos para la música y la danza.
Los diferentes directores que han unido su talento al Ballet Flamenco de Andalucía forman ya parte de la historia de la danza en España: Mario Maya (1994-1996), María Pagés (1996-1997), José Antonio Ruiz (1997-2003), Cristina Hoyos (2003-2010), Rubén Olmo (2011-2013), Rafaela Carrasco (2013-2016), Rafael Estévez (2016-2018) y Úrsula López[5][6] en la actualidad.
Ellos, junto a otros muchos artistas y coreógrafos, han conseguido situar a la compañía entre aquellos que hoy son referentes en el flamenco.
Desde el año 2023, la dirección artística corresponde a Patricia Guerrero.