En 1914 estalló un motín en el regimiento y Annenkov fue nombrado comandante temporal por los amotinados.
Negándose a dejarse desarmar, inició la lucha contra los bolcheviques.
Durante el invierno de 1919-1920 se unió formalmente a las fuerzas del general Dutov; sin embargo, casi de inmediato, hubo un conflicto entre él y Dutov debido a las atrocidades cometidas por las tropas de Annenkov, y Dutov se negó a apoyarlo.
En la primavera de 1920, Annenkov se vio obligado a retirarse hacia la frontera con China.
Deportado a la Unión Soviética, fue fusilado el 25 de abril en Semipalatinsk junto con Denissov.