Breisach deriva del nombre celta de persona brisios con el sufijo -ako (-acum en latín).
Los romanos erigieron un castillo auxiliar en el monte Brisiacus (la palabra proviene del celta Brisge (rompeolas).
Mientras tanto, Francia había construido su propia fortaleza, Neuf-Brisach ("Nueva Breisach"), en la orilla izquierda del Rin.
Durante la Segunda Guerra Mundial, el 85 % de Breisach quedó destruido por la artillería aliada; también sufrió daños la catedral.
Poco más tarde se construiría en Fessenheim (a unos 15 km), donde sigue en funcionamiento.