Su origen nahua los sitúa entonces políticamente como parte de la Triple Alianza formada por los tres poderosos estados nahuas del Valle de México: México, Texcoco y Tlacopan.
Durante la época prehispánica el territorio de la actual Calacoaya contaba con asentamientos bien edificados que le daban un aspecto cosmopolita debido al numeroso grupo de etnias que allí habitaban.
Durante su huida, el ejército de Cortés sufrió bajas considerables en la calzada México-Tacuba.
Al llegar a Tacuba los invasores fueron repelidos fieramente y no lograron refugio en ningún punto de este poblado tepaneca.
Por lo tanto, Cortés huyó hacia el rumbo de Totoltepec (actualmente Naucalpan).