El Campeonato de Tercera División 1906 fue el séptimo campeonato de la tercera categoría del fútbol argentino y de la Tercera División, antecesor de la Primera C y Primera D. Fue organizado por la Argentine Association Football League, y disputado en su mayoría por juveniles de equipos que competían en divisiones superiores, por lo que no existía un sistema de ascensos y descensos, y los clubes elegían en qué división competir.
Se consagró campeón Gimnasia y Esgrima, tras vencer en la final por 2 a 0 a Gath & Chavez.
El número de participantes disminuyó a 29.
Los equipos se distribuyeron en cuatro zonas: en tres zonas de siete equipos y una zona de ocho equipos, donde se enfrentaron bajo el sistema de todos contra todos a dos ruedas.
El ganador de cada zona avanzó a la fase final, donde los clasificados se enfrentaron a eliminación directa, a único partido, hasta definir a un campeón.