El Campeonato de Tercera División 1946, conocido como Primera Amateur 1946, fue el torneo que constituyó la duodécima temporada de la tercera división de argentina en la era profesional de la rama de los clubes directamente afiliados a la AFA y la cuarta y última edición de la Primera Amateur bajo esa denominación.
Los nuevos participantes fueron Deportivo Riestra y Alumni de Villa Urquiza, afiliados por AFA, y All Boys, descendido de la Segunda División, mientras que el equipo que dejó de participar de la categoría fue el ascendido Argentino de Quilmes.
Se consagró campeón All Boys y obtuvo el ascenso, retornando rápidamente a la segunda categoría.
Los 13 clubes se enfrentaron entre sí a dos ruedas por el sistema de todos contra todos.
Al finalizar el torneo, el ganador se consagró campeón y obtuvo el único ascenso en disputa a la Segunda División.