El torneo apertura y clausura se desarrolló en dos fases: Durante la fase de clasificación, los diez equipos se enfrentan a los otros nueve equipos dos veces según un calendario elaborado al azar.
Los cuatro mejores equipos se clasifican para las semifinales, mientras que el último desciende a la Segunda División .
El desempate final se basa en los siguientes criterios: Al final descendió de manera directa el último de la tabla del torneo clausura.
De darse un empate en puntos entre el último y el penúltimo, se jugará un partido definitorio en un estadio neutral.
Sonsonate terminó último en la tabla general del Torneo Clausura 1999 y fue relegado a la Liga de Plata, tras permanecer por 2 temporadas en Primera División.