El torneo apertura y clausura se desarrolló en dos fases: Durante la fase de clasificación, los diez equipos se enfrentan a los otros nueve equipos dos veces según un calendario elaborado al azar.
Los cuatro mejores equipos se clasifican para las semifinales, mientras que el último desciende a la Segunda División .
De darse un empate en puntos entre el último y el penúltimo, se jugará un partido definitorio en un estadio neutral.
Juventud Olímpica terminó último en la tabla general del Torneo Clausura 2000 y fue relegado a la Liga de Plata, tras permanecer por una temporada en Primera División.
Fue reemplazado por el campeón de la Segunda Atlético Balboa que ascendió a la máxima división por primera vez en su historia.