En el conjunto destaca la iglesia, cuya portada occidental, en estilo gótico isabelino, está decorada con los escudos de sus fundadores.
Está conectado con la ciudad por la carretera BU-800 y puede llegarse también a pie por una ruta natural.
Ese año Enrique IV sucede a su padre, Juan II, y las obras quedan casi paradas.
La portada que hoy se encuentra en la fachada occidental de la iglesia se alzó en 1486 y fue ubicada originalmente en el lateral izquierdo del templo, proporcionando el acceso de los fieles directamente desde el exterior del monasterio.
Está formada por arquivoltas apuntadas decoradas con vegetales, animales y algunos motivos figurativos humanos.
Estilísticamente se vincula a la obra de los Colonia (padre e hijo), que intervinieron en el levantamiento del templo.
Para acceder a la Iglesia y contemplar la portada hay que pasar por un patio ajardinado, cuya tracería data de la primera mitad del siglo XVI.
La galería porticada que precede al patio está formada por arcos de medio punto que sostienen bóvedas de arista rebajadas, rematadas en claves con decoración modular.
En la parte inferior del madero, completan la escena las figuras de la Virgen María y San Juan Evangelista.
En la parte superior de la cruz se sitúa un pelícano que confiere al conjunto central un gran valor simbólico, alegoría del sacrificio eucarístico, porque el ave alimenta a sus crías con su propia sangre.
Ambos sepulcros fueron realizados en alabastro y son joyas de la escultura del gótico tardío.
El zócalo que separa el sepulcro del suelo está decorado con figuras de animales y motivos vegetales.
La estatua yacente representa al rey Juan II de Castilla, con su cabeza coronada, descansando sobre dos almohadones y vuelta ligeramente hacia el exterior.
El rey está cubierto con un rico manto y adornado con numerosas joyas.
[10] La estatua yacente representa a la reina Isabel de Portugal, con su cabeza coronada, descansando sobre dos almohadones y vuelta ligeramente hacia el exterior.
La estatua yacente muestra a la reina más recostada que su esposo y apoyando ligeramente el peso de su cuerpo sobre su brazo izquierdo.
En la escena del plano frontal pueden verse a la Virgen, María Magdalena y el discípulo Juan.
Este espacio, reservado a los Padres cartujos para el rezo de las Horas, fue realizado en madera de nogal entre 1486 y 1489 por el escultor Martín Sánchez y decorado con diversos motivos ornamentales.
De madera dorada y policromada, presenta suaves plegados que caen verticalmente en el traje del santo.
Esta imagen de San Bruno ha venido a convertirse en el arquetipo donde se identifica la figura del monje cartujo.
La Anunciación destaca por el detallismo en los objetos y el interesante juego de perspectivas, que crea una perfecta ilusión espacial.
Entre los muebles litúrgicos exhibidos figura también un bojarte, es decir, una tabla para organizar las misas, que actuaba como un cuadrante de horarios permitiendo a los monjes señalar los diferentes turnos y responsabilidades en la liturgia monástica.
Fue mandada decorar por Fray Nicolás de la Iglesia, con pinturas al fresco datadas en el siglo XVII.
Los diversos elementos decorativos con recursos pictóricos, como trampantojos o claroscuros, abordan temáticas vinculadas a la vida de la Virgen, destacando la Coronación de la Virgen que se representa en la bóveda.
Esta pintura al óleo sobre tabla representa la Elevación de la Cruz mide 65x50 cm y ha sido atribuida a Joaquín Sorolla.
Además de las múltiples obras conservadas en la exposición permanente, otras obras han sido vinculadas históricamente al monasterio, ya sea porque fueron encargadas por la Cartuja o porque fueron donadas originalmente a Miraflores, aunque hoy no se encuentren allí.En 1445, el rey Juan II de Castilla donó el llamado Tríptico de Miraflores, obra del pintor flamenco Rogier van der Weyden, a la Cartuja de Miraflores.
Actualmente las diversas tablas están dispersas entre distintos museos y una colección privada.