[8] En épocas anteriores a la conquista española, el municipio era ocupado por la nación Tzotzil.
En 1486, las tropas aztecas al mando de Tiltototl arribaron a la región.
En 1549, llegaron los frailes dominicos y le antepusieron a Chalchihuitán el nombre de San Pablo.
En esa época el pueblo estaba formado por una sola parcialidad de nombre Cihualtepec.
En 1605, la población de Santa Catarina Pantelhó se trasladó temporalmente a San Pablo Chalchihuitán.