Según la Enciclopedia de los municipios de México, el toponímico "chichimilá" significa en idioma maya ‘pesón duro’, por derivarse de los vocablos chich (‘duro’), im (‘pesón’) e ilá o ilé (‘ver, mirar’).
[8] Sin embargo, el Diccionario Maya-Español de Cordemex dice:
Al igual que muchas poblaciones del oriente del estado Chichimilá fue escenario de cruentos encuentros entre las partes beligerantes durante el conflicto denominado guerra de Castas, que se verificó a mediados del siglo XIX.
En el caso de Chichimilá, ésta fue duramente atacada al principio del conflicto ya que Manuel Antonio Ay, uno de los tres principales líderes mayas que lo detonaron, era el cacique del pueblo, razón por la cual la localidad fue duramente castigada por el ejército de los blancos inmediatamente después de haberse descubierto la sublevación maya y sacrificado aquel en la ciudad de Valladolid en 1847.
En Chichimilá se encuentra el edificio de un ex-convento que data de la época colonial, con un templo en el que se venera a la Asunción, construido en el siglo XVI.