Su hermano, Christoph Knaut (1638-1694) fue también médico y botánico.
Estudió medicina en la Universidad de Leipzig, donde tuvo como profesores Gottfried Welsch, Paul Amman, Michael Ettmüller y Johannes Bohn.
En 1682 obtuvo su doctorado en la Universidad de Jena con una tesis titulada De fermentatione en sanguine no existente.
Como botánico publicó Compendium Botanicum sive Methodus plantarum genuina, en la que se proporciona un sistema de clasificación de las plantas con flores sobre la base del número y disposición de los pétalos.
Carlos Linneo nombró a las plantas del género Knautia en honor de Christian y Christoph Knaut.