Según un croquis elaborado por Diego de Landa en el siglo XVI en el centro de la actual Mérida se encontraban cuatro edificaciones mayas que delimitaban una plaza levantada sobre una plataforma más antigua que la antes mencionada.
Había en su interior dos pozos de agua y almacenes para armamento.
En el año de 1820 se expide un decreto para la monasterios se clausuró el Convento de San Francisco y los frailes fueron desalojados.
En el año de 1861 el gobierno estatal solicitó al federal que le autorizara demoler la fortaleza y cedérsela al municipio meridano, para lo cual se autorizó un presupuesto de $2,000.00 por parte del gobierno estatal.
En años posteriores se enajenarían algunos lotes anexos para dar paso a una zona comercial que todavía existe.