[5] La teoría supone un importante cambio conceptual en la manera tradicional de pensar los procesos evolutivos, añadiendo nuevos procesos que pueden generar variación biológica y que podrían ser potencialmente seleccionados.
En 1990 Lynn Margulis acuña el término "holobionte", para referirse a la unidad formada por un organismo pluricelular y su simbionte primario.
[7][8][9][10][11] Posteriormente, en septiembre de 1994, Richard Jefferson introduce por primera vez el término "hologenoma" en una presentación el laboratorio Cold Spring Harbor.
[19][20][21] La hipótesis buscaba explicar las causas del éxito evolutivo de los corales, en concreto su adaptación a ambientes rápidamente cambiantes.
[22] Los corales estudiados por Rosenberg y su equipo, en cambio, ya no aparecían contaminados por la bacteria (pese a estar contaminados por otras bacterias que seguían causando la decoloración), lo cual indicaba que los corales había encontrado los mecanismos biológicos necesarios para combatir la infección.
Estos dos fenómenos plantean la cuestión acerca de las razones por las que los corales han adquirido resistencia al V. shiloi.
Rosenberg y Zilber-Rosenberg presentan el concepto de evolución hologenómica del siguiente modo:"[El] holobionte (hospedador + microbiota), con su hologenoma (genes del hospedador + microbioma) es una entidad biológica única, en que el conjunto de las interacciones dinámicas dentro del holobionte dan lugar al genotipo y al fenotipo de los organismos tal y como los conocemos.
En un estudio liderado por Lisandra Z. Mendoza y Z. Xiong, los autores argumentan que tanto los perfiles funcionales del vampiro común como los de su microbiota codifican rasgos esenciales para afrontar los desafíos que plantea una dieta hematofágica.
[32] Las primeras reacciones a los trabajos de Rosenberg y Zilber-Rosenberg fueron casi inmediatas.