[1] Se utiliza comúnmente para referirse a la asociación entre un macroorganismo[2] (animal o planta) y los microorganismos simbióticos que componen su microbiota.
El concepto "holobionte" aparece por primera vez en un breve artículo de Lynn Margulis titulado "Words as battle cries - symbiogenesis and the new field of endosytobiology".
[5] Tras este uso originario por parte de Margulis, el término será utilizado por David Mindell en 1992 para referirse a las simbiosis entre un huésped y varios microorganismos.
El término se ha hecho especialmente popular tras su asociación con el concepto de evolución hologenómica, originariamente postulado por Eugène Rosenberg e Illana Zilber-Rosenberg en 2008.
No obstante, en ocasiones, los términos aparecen intercambiados, debido a las analogías existentes entre ambos (ambos son organismos formados por diferentes individuos que establecen entre sí relaciones de división del trabajo).