Es nativo de América del Sur, en la cuenca amazónica.
[1] Esta especie es considerada poco común y local en su hábitat natural: los bosques riparios dominados por Cecropia, en islas ribereñas, por debajo de los 100 m de altitud.
[1] La especie C. margaritae fue descrita por primera vez por el ornitólogo estadounidense Ernest G. Holt en 1931 bajo el nombre científico Ateleodacnis margaritae; su localidad tipo es: «margen norte del río Amazonas, en Ceo de Arary, arriba de Parintins, estado de Amazonas, Brasil».
[4] El nombre genérico neutro Conirostrum se compone de las palabras latinas «conus»: cono, y «rostrum»: pico; y el nombre de la especie «margaritae» conmemora a la esposa del autor, Margaret Lander Holt.
Los amplios estudios filogenéticos recientes demuestran que la presente especie es hermana de Conirostrum bicolor.