Los portugueses asumieron la administración directa del territorio, cuyos habitantes fueron convertidos al catolicismo.
[2][1] Hubo una segunda expedición en 1591, que mandó André Furtado de Mendonça; en ella murió el rey Puvirasa Pandaram y obtuvo el trono su hijo Ethirimanna Cinkam.
[6][7] Cankili II, un usurpador, se apoderó del trono cuando Pararasasekaran falleció en 1617, tras asesinar al regente que había nombrado Ethirimanna Cinkam.
[1][5][10] Este y los miembros supervivientes de la familia real fueron deportados a Goa, donde se ahorcó al usurpador.
Hubo tres rebeliones contra los portugueses entre 1619 y la toma holandesa del fuerte de Jaffna en 1658.
Los portugueses derribaron los templos hindúes y destruyeron la biblioteca Saraswathy Mahal de Nallur, donde se conservaba toda producción literaria del reino.
[15][16][17] Los excesivos impuestos hicieron menguar la población; numerosos habitantes se mudaron a Ramanathapuram, en la India, y la región de Vanni, al sur.
La reducción del comercio complicó el pago de las importaciones esenciales, que se redujeron drásticamente.