[2] En la cutícula aparecían estructuras similares a estomas, mucho menos evolucionados que en otros miembros de Rhyniophyta.
[6] Las esporas producidas en estos esporangios eran triletas, profusamente decoradas y muy variadas en cuanto a su morfología.
Los estudios paleopalinológicos han relacionados especies de Cooksonia con las esporas denominadas Ambilisporites, Leiotriletes, Cyclogranisporites, Granulatisporites, Streelispora, Aneurospora, Synorisporites y Apiculiretusispora.
Este rizoma nunca ha sido hallado relacionado con tallos aéreos por lo que se ignora su morfología ni si poseían vasos conductores o rizoides.
Los restos que han llegado a la actualidad se corresponderían con fragmentos de tallos arrastrados por las aguas quedando los rizomas anclados al suelo en su lugar original.