En la actualidad, el café zapatista se distribuye mediante redes de apoyo cooperativo en Norteamérica y Europa.
La primera cooperativa cafetalera integrada exclusivamente por miembros zapatistas fue Mut-vitz, situada en el municipio de El Bosque, en el altiplano chiapaneco.
Pero con una decisión común, Mut-vitz optó por no aceptar nuevos miembros hasta que todos los productores completen el período transitorio de 3 años, para la certificación biológica del café.
La nueva cooperativa Yachil Xojobal Chulchan, fue constituida en 2001 por los zapatistas que no habían sido aceptados directamente en Mut-vitz, un total de 328 productores.
Son parte integral del movimiento zapatista y por eso cooperan con las estructuras políticas del movimiento, los Consejos de Buen Gobierno, respetando sus decisiones, que apuntan a los intereses más amplios de las estructuras y comunidades autónomas.
Las cooperativas cafetaleras zapatistas son quizás el ejemplo más evidente del desarrollo de estructuras económicas alternativas y autónomas en Chiapas.
A través de su operación, los productores no dependen del mercado local o global.
La construcción de una estructura organizativa eficaz que respete la orientación política democrática horizontal y directa del movimiento zapatista fue al principio su mayor dificultad.
Al mismo tiempo, intentan desarrollar algunos proyectos de infraestructura como espacios para almacenamiento y preprocesamiento del café.
Es paradójico que el mayor obstáculo para el desarrollo de estas nuevas actividades económicas sean precisamente las mismas autoridades mexicanas, como por ejemplo las sanciones contra Mut-vitz en 2007, por irregularidad fiscal.