En las zonas con 2 equipos, se recurrirá a un partido extra en cancha neutral.
[4] Clasifican los ganadores de cada grupo más los dos mejores equipos que queden en segundo lugar, para definir a los segundos, al no estar todos los grupos compuestos por la misma cantidad de equipos, se utiliza la regla de Eliminatorias UEFA,[5] donde a los segundos no se les considera el resultado del juego contra el último ubicado en su grupo.
Nota: En los grupos con 4 equipos no se tuvo en cuenta el resultado contra el que haya quedado último.
El Club Cerro Corá que debía participar de esta ronda clasificatoria fue excluido, los juegos en los que debía participar quedaron cancelados, como en la competencia oficial de la categoría, por problemas dirigenciales.
A la vez, otorgó los puntos al Club Oriental y un marcador en contra de 3-0.
[8] Clasifican los ganadores de cada grupo más los dos mejores equipos que queden en segundo lugar.
El equipo número 36 en anotar su nombre a la Fase Nacional es el Club Oriental, que venció a Humaitá por 1 a 0 por la segunda fecha del grupo c, del clasificatorio de la Primera C el 22 de mayo, quedándose con el grupo y la clasificación.
[13] Al día siguiente, el Sportivo Limpeño, también de la C, empató su partido con Valois Rivarola por la segunda fecha del grupo D, y de esta forma logró su clasificación, aguardando la disputa de la tercera jornada para definir si entra como ganador del grupo o mejor segundo.
[20] El martes 12 de junio, se llevó a cabo una jornada doble en el estadio Martin Torres donde Cristóbal Colón FBC de J. Augusto Saldivar avanzó tras vencer a Olimpia de Itá a primera hora y en segundo turno el Deportivo Recoleta, también sello su inscripción en la Fase Nacional al derrotar al Cristóbal Colón de Ñemby.
Tras el primer juego también se confirmó que Colegiales quedaría como uno de los mejores segundos.
La Fase Nacional inició a finales del mes de julio.
El desarrollo del torneo es similar al de la Copa Sudamericana, y el ganador accederá a una plaza directa para la edición 2019 del certamen continental como Paraguay 4.
Los 24 equipos provenientes de la Primera Fase se agruparon en 12 cruces de 2 equipos, a eliminación directa y pasaron a la siguiente ronda los 12 ganadores más los 4 equipos que lograron mejor ubicación entre los perdedores sumando los resultados estadísticos de las dos primeras fases.
Los 8 equipos provenientes de la fase anterior se agruparon en 4 llaves.
En principio, este partido no estaba contemplado en el reglamento y programación del torneo, pero el martes 6 de noviembre la organización decidió agregarlo en la reunión técnica con los participantes de los cuartos de final, ya que podía haber sido decisivo para determinar la clasificación a Copa Sudamericana 2019.