El CSKA Moscú se proclamó campeón del torneo.
En esta ronda entraron los 18 ganadores de la primera ronda y 38 equipos más de la Segunda división 2012–13.
{{{penaltis1}}} {{{penaltis2}}} Kirichenko Poloz Sheshukov Dyakov Aílton Rybus Lebedenko Komorowski Ivanov Los cuatro vencedores de los cuartos de final entraron en el sorteo de las semifinales.
Zenit y Rostov jugaron como locales debido a que jugaron más partidos como visitantes que el Yenisey y Kuban, respectivamente, en las rondas anteriores.
Todos los equipos en esta ronda son de la Liga Premier.