Luego se internó en el ambiente político nacional, logrando ser Presidente del país.
En ese mismo año siendo encargado del Ejército es enviado a Olancho para apaciguar unos levantamientos, en carta de fecha 15 de abril remitida al Intendente de Olancho, se manifiesta: "No habiendo podido reunir en ese departamento la tropa que se pidió, me ha ordenado contestarle, que tanto en vitud de lo que Ud.
más tarde, en 1844 es Secretario de Estado, en la misma administración de Ferrera; y en el mismo año 1844 a 1845 fue nombrado como Ministro Presidente en ausencia del presidente General Francisco Ferrera.
Durante su gobierno sucedió la Guerra con El Salvador, Chávez apoyó al general Francisco Malespín en su intento de recuperar la presidencia, el conflicto concluyó con el "Tratado de Sensenti" en 1847.
De orientación conservador, Coronado Chávez acompañaría al general Francisco Ferrera en el exilio, viviendo en El Salvador hasta su regreso a Honduras, donde fallecería en su última residencia en Comayagua.