De 1838 a 1840 colaboró con el general guatemalteco Rafael Carrera para derrocar el gobierno liberal del presidente de la Federación Centroamericana, Francisco Morazán.
Más tarde contrajo matrimonio con María de los Dolores Medina.
Reagrupado Domínguez, nuevamente fue vencido en Sonaguera, en la Ofrecedora y en Trujillo, por las fuerzas comandadas por Ferrera.
La campaña se llevó a cabo el 1 de julio de 1832, el ejército mexicano al mando del coronel Vicente Domínguez, con ideología unionista, trababa de anexar el estado Hondureño al territorio mexicano, ya que se eligió esta fecha para empezar a reunificar el primer imperio mexicano, tras la desunión de Centroamérica en 1822.
Mas sin embargo se llevó una gran sorpresa, al terminar derrotado por las fuerzas Hondureñas, esta batalla es nombrada Batalla de Trujillo por ser la primera vez que se invadió dicho lugar, después de la independencia y la creación del Estado de Honduras.
La Asamblea Legislativa concedió licencia al jefe de Estado, Joaquín Rivera, para atender asuntos personales y contraer matrimonio.
Ambos estuvieron en pugnas constantes desde 1934 hasta 1845, cuando Rivera fue condenado y ejecutado.
En septiembre de 1838, el líder campesino guatemalteco, Rafael Carrera —tras varias derrotas contras fuerzas liberales federales— intentó un asalto a la capital de Guatemala, pero el general liberal Carlos Salazar Castro lo derrotó en los campos de Villa Nueva, y Carrera tuvo que replegarse nuevamente al oriente del Estado.
Sabiendo que Morazán iba a atacar El Salvador, decidieron que Carrera iba a atacar la Ciudad de Guatemala y para ello Ferrera le dio mil armas y municiones.
Incluso, para demostrar a Carrera que ni se le temía ni se le desconfiaba, retiró las fortificaciones que había en la capital guatemalteca desde la batalla de Villa Nueva.
[4][7] Ya sin Salazar, Carrera restituyó a Mariano Rivera y Paz, como gobernador de Guatemala; Rivera Paz a su vez lo nombró general en jefe del Ejército aunque en realidad era Carrera quien tenía el mando absoluto en Guatemala y se constituyó en un fuerte aliado de Ferrera.
[8] Mientras Carrera atacaba a los liberales en Guatemala, Ferrera fue derrotado el 5 de abril de 1839 en la Batalla del Espíritu Santo, en Corinto (El Salvador), por las fuerzas del general Francisco Morazán.
Durante el año de 1840, Ferrera se dedicó a imponer su voluntad al gobierno presidido por José Francisco Zelaya y Ayes, quien, al no haberse realizado elecciones como mandaba la Constitución de 1839, había sido escogido presidente provisional de Honduras por la Asamblea Legislativa.
Recién inaugurado su gobierno, una violenta epidemia de viruela atacó en Comayagua, Tegucigalpa y La Paz, y las medidas enérgicas de control epidemiológico que implementó no impidieron que la epidemia se extendiera por casi todo el país.
Honduras aceptó y en febrero de 1842 dictó un acuerdo disponiendo que se remitiera al señor Viteri y Ungo la terna de candidatos; entre ellos estaba el padre Reyes.
Los levantamientos de Texiguat, Tegucigalpa, Liure, El Corpus y Danlí mantuvieron su administración envuelta en perseguir a los insurrectos.
En enero de 1847, la Asamblea eligió al general Francisco Ferrera para suceder a Coronado Chávez, pero Ferrera renunció antes de asumir el cargo; y en consecuencia, el licenciado Juan Lindo fue elegido por la Asamblea como Presidente Constitucional.