Una leyenda atribuye la construcción de este túnel al poeta romano Virgilio, leyenda que fue alimentada por la cercanía a su entrada de un columbario que, desde comienzos del Imperio romano se identificaba, al igual que en la actualidad, como la tumba de Virgilio.
Al contrario que el resto de los túneles de los Campos Flegreos que, terminada la guerra civil entre Octavio y Marco Antonio, perdieron su utilidad estratégica y fueron progresivamente abandonados, la Cripta Neapolitana siguió siendo utilizada como infraestructura civil, aunque Séneca[3] la describe como estrecha, sombría, obscura y opresiva.
Así, en 1455, el rey de Nápoles Alfonso V el Magnánimo, para reducir la pendiente de sus accesos, hizo rebajar la altura del suelo en 11 m en la parte oriental, y 2 m en la occidental.
Para Petronio,[5] la cripta en el siglo I estaba consagrada a Priapo, dios de la fertilidad, en cuyo honor se celebraban ceremonias mistéricas y cultos orgiásticos nocturnos.
En algún momento de finales del Imperio romano, el mitraísmo fue sustituido por el cristianismo.