En 1584 por ejemplo se menciona que el maestro obtenía días libres para componer los villancicos de Navidad.
Al igual que otros maestros, Cortés tuvo que ser reconvenido en diversas ocasiones por no realizar sus obligaciones a satisfacción del cabildo:[2] Su prestigio viene mostrado por su nombramiento como juez de las oposiciones a la maestría de La Seo en diciembre de 1593, que ganaría Francisco de Silos.
[3] Cortés se vio envuelto en el conflicto provocado por la huida de Antonio Pérez a Aragón y el consecuente enfrentamiento del Justicia con el rey Felipe II, las llamadas Alteraciones de Aragón.
Su posicionamiento a favor del Justicia tuvieron consecuencias judiciales, pero los fiscales se apartaron de su causa en agosto de 1593, aunque el cabildo le quitó la ración.
[2] De toda las numerosas composiciones que debió realizar según las actas del cabildo, solo se conservan dos en El Pilar:[2]