Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction

Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP) (Evaluación crítica de las técnicas para la predicción estructural proteica), es un experimento mundial comunitario para la predicción estructural proteica llevándose a cabo cada dos años desde 1994.

Si la secuencia dada es encontrada relacionada por descendencia común a una secuencia proteica de estructura conocida (llamada plantilla), el modelamiento homólogo puede ser ocupado para predecir la estructura terciaria.

Las plantillas pueden ser encontradas usando métodos de alineamiento de secuencias tales como BLAST o FASTA o métodos protein threading, que son mejores en encontrar plantillas que son lejanamente relacionadas.

Plegamientos verdaderamente nuevos son cada vez más raros entre los objetivos,[2]​[3]​ haciendo esa categoría menor a la deseable.

[6]​ Predicciones de alta exactitud basadas en plantillas fueron evaluadas en CASP7 por si ellas funcionaban para las fases reemplazo-molecular de la estructura cristal objetivo[7]​ con los éxitos seguidos después,[8]​ y por la calidad del modelo entero (no sólo α-carbon) y comparación del modelo entero al objetivo en CASP8.