C. checchiai fue nombrado en 1957 de la Formación Sahabi.
Era similar en apariencia al cocodrilo del Nilo (C. niloticus), y puede que haya sido la misma especie.
Restos de la parte inferior de la formación Nawata en la Cuenca Turkana de Kenia que fueron atribuidos en principio al cocodrilo del Nilo han sido reasignados a C. checchiai, extendiendo su rango geográfico y temporal.
Puede haber estado cercanamente relacionado con los cocodrilos neotropicales como el cocodrilo del Orinoco (C. intermedius), o a otros cocodrilos africanos como C. anthropophagus y C. thorbjarnarsoni.
A continuación, un cladograma basado en el análisis filogenético de Brochu y Storrs (2012), que coloca a C. checchiai en la base de Crocodylus:[1] "Asiatosuchus" germanicus Prodiplocynodon langi Asiatosuchus grangeri "Crocodylus" affinis "Crocodylus" depressifrons Brachyuranochampsa eversolei "Crocodylus" acer Kentisuchus spenceri Dollosuchoides densmorei Megadontosuchus arduini Gavialosuchus eggenburgensis Toyotamaphimeia machikanensis Tomistoma lusitanica Tomistoma schlegelii "Tomistoma" cairense Thecachampsa antiqua Thecachampsa americana Thecachampsa carolinense Penghusuchus pani Paratomistoma courti "Tomistoma" petrolica "Crocodylus" megarhinus Kambara implexidens Australosuchus clarkae Trilophosuchus rackhami Quinkana "Crocodylus" pigotti "Crocodylus" gariepensis Euthecodon arambourgii Euthecodon brumpti Rimasuchus lloydi Voay robustus Osteolaemus osborni Osteolaemus tetraspis Mecistops cataphractus Crocodylus checchiai C. palaeindicus C. anthropophagus C. thorbjarnarsoni C. niloticus C. siamensis C. palustris C. porosus C. johnsoni C. mindorensis C. novaeguineae C. raninus C. acutus C. intermedius C. rhombifer C. moreletii