Desde este puesto apoyó la organización de la expedición montada por el patriota chileno José Miguel Carrera.
Dejó este cargo para ordenar una expedición para suprimir la piratería en las Antillas en 1823-25.
Mientras en las Antillas se suprimía la piratería, Porter invadió la ciudad de Fajardo, Puerto Rico (una provincia española) para vengar el encarcelamiento de un oficial de su flota, y es por este acto por el que la Marina estadounidense decidió inhabilitarlo 1 año en un juicio militar, por lo que él consideraba un fallo injusto, decidió pasar al servicio de la Armada de México, que en aquellos días se empeñaba en rechazar a los buques españoles en las aguas de Cuba y que al tomar esta decisión, él dejó a su familia en Estados Unidos.
Con las dificultades de la economía de México Porter se mete en problemas políticos en su contra y argumentando que se le habían presentado dos atentados en su contra decide finalmente regresar a los Estados Unidos.
Allí el presidente Jackson le nombró en 1830 cónsul en Argelia.