Tras la reintegración del distrito federal al departamento en 1864, retomó su nombre original de Bogotá con el cual permaneció hasta su extinción en 1886.
El «Segundo Departamento» tenía por distritos al Segundo de Bogotá (capital), Anapoima, Mesa, Tena, Quipile, Anolaima, Facatativá, Zipacón, Bojacá, Serrezuela, Funza, Fontibón, Engativá, Suba, Usaquén, Calera, Guasca, Guatavita, Gachetá, Chipasaque, Ubalá, Gachalá, Medina, Upía y Cabuyaro.
[2] En 1860 el ya unificado departamento de Bogotá comprendía los distritos de Bogotá (capital), Anapoima, Anolaima, Bojacá, Bosa, Calera, Cáqueza, El Colegio, Chipaque, Chipasaque, Choachí, Engativá, Facatativá, Fómeque, Fontibón, Fosca, Funza, Fusagasugá, Gachalá, Guasca, Gachetá, Guatavita, Mesa, Medina, Nimaima, Nocaima, Pandi, Pasca, Quetame, Quipile, San Antonio, San Francisco, San Martín, Sasaima, Serrezuela, Síquima, Soacha, Suba, Subachoque, Tena, Tenjo, Tibacuy, Ubalá, Ubaque, Une, Usaquén, Usme, Vega, Villavicencio, Villeta, Viotá y Zipacón.
[2] En 1862 fue renombrado a «Departamento del Centro» y su territorio fue disgregado, quedando conformado únicamente con los distritos de Funza (capital), Cota, Chapinero, Bosa, Engativá, Fontibón, Mosquera, Suba, Soacha, Usme, Serrezuela, Facatativá, Bojacá, Subachoque, San Francisco, Tenjo, Vega, Zipacón, Fusagasugá, Tibacuy, Pasca y Pandi.
[2] En 1876 el departamento comprendía los distritos de Bogotá (capital), Bosa, Cota, Chía, Engativá, Funza, Fontibón, Fusagasugá, Calera, Mosquera, Pandi, Pasca, Soacha, Suba, Usme y Usaquén.