Forma parte de la Zona Pastoral Occidente.
A principios del siglo XVII se estableció el pueblo de indios de San Marcos.
El seminario conciliar fue fundado en 1885, con la aprobación del arzobispo de Guadalajara, Pedro Loza y Pardavé.
En mayo de 1990 recibió la visita del papa Juan Pablo II durante su viaje apostólico a México.
Según el Anuario Pontificio 2021 la diócesis tenía a fines de 2020 un total de 1 450 123 fieles bautizados.