La diócesis tiene 77 990 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en las provincias de Molucas y Molucas septentrionales.
La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Ambon (o Amboina), en donde se halla la Catedral de San Francisco Javier.
El 29 de agosto de 1920 la prefectura apostólica fue elevada a vicariato apostólico con el breve Christiani gregis del papa Benedicto XV.
[2] El 24 de junio de 1950 cedió otra porción de territorio para la erección del vicariato apostólico de Merauke (hoy arquidiócesis de Merauke) mediante la bula Ad Evangelii del papa Pío XII[3] y en virtud de la bula Quo in Archipelago recuperó como compensación las islas de Ternate, Tidore, Halmahera y Badjan, que el año anterior había cedido a la prefectura apostólica de Hollandia.
[4] El 3 de enero de 1961 el vicariato apostólico fue elevado a diócesis con la bula Quod Christus del papa Juan XXIII.