La diócesis de Jayapura (en latín: Dioecesis Iayapuraen(sis) y en indonesio: Keuskupan Jayapura) es una circunscripción eclesiástica latina de la Iglesia católica en Indonesia, sufragánea de la arquidiócesis de Merauke.
La diócesis tiene al obispo Leo Laba Ladjar, O.F.M.
La diócesis tiene 115 349 km² y extiende su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en la provincia de Papúa en la ciudad de Jayapura y las regencias de: Jayapura, de las montañas Bintang, Jayawijaya, Keerom, Lanny Jaya, Mamberamo Tengah, Nduga, Sarmi, Tolikara, Yahukimo y Yalimo.
El 14 de junio de 1954 la prefectura apostólica fue elevada a vicariato apostólico con la bula Sicuti sollers del papa Pío XII.
[4] El 15 de noviembre de 1966 el vicariato apostólico fue elevado a diócesis con la bula Pro suscepto del papa Pablo VI.