La diócesis extendía su jurisdicción sobre los fieles católicos de rito latino residentes en el archipiélago japonés.
Se desató entonces en Japón una feroz persecución contra los cristianos, que conducirá a la casi desaparición de la religión católica en el país en el espacio de una década.
Fueron expulsados de Japón todos los extranjeros europeos, particularmente los comerciantes y misioneros católicos provenientes de España y Portugal que habían llegado a las islas japonesas en gran número durante la segunda mitad del siglo XVI.
Esto condujo a que la diócesis fuera suprimida de facto y dejara de existir circa 1660, ya que ningún misionero más pudo pisar el país hasta mediados del siglo XIX.
Desde 1630 continuó existiendo, sin embargo, una comunidad oculta de cristianos que se conoce como Kakure kirishitan, que salió a la luz al restablecerse la libertad religiosa en 1873.