En la batalla de Trafalgar combatió embarcado en el Bahama, pasando como prisionero a Gibraltar.
Fue entonces encarcelado en Madrid y trasladado luego al castillo de San Sebastián en Cádiz, en el que permaneció condenado durante dos años.
La expedición fue desastrosa, pues los insurgentes capturaron el María Isabel, buque que tripulaba Capaz, quien, sin embargo, llegó al Callao.
Fue sometido a causa, de la que salió absuelto por motivos políticos.
Al producirse la invasión del duque de Angulema se trasladó con el ministerio a Sevilla y luego a Cádiz, fue nombrado mayor general de la Escuadra del Océano y participó en la defensa del Trocadero; caído el régimen liberal emigró al extranjero y no regresó hasta 1832, reintegrándosele en sus grados, ascendiendo en 1835 a capitán de navío y después del motín de La Granja a brigadier.