Como otros migrantes australes, el tuquito rayado es propenso a la vagancia, habiendo sido registrado tan lejos como Estados Unidos y Canadá.
La especie E. varius fue descrita por primera vez por el naturalista francés Louis Jean Pierre Vieillot en 1818 bajo el nombre científico Muscicapa varia; la localidad tipo es «Paraguay».
Según el ordenamiento propuesto, Empidonomus permanece en Tyrannidae, en una subfamilia Tyranninae Vigors, 1825, en una tribu Tyrannini Vigors, 1825, junto a Pitangus, Philohydor, Machetornis, Tyrannopsis, Megarynchus, Myiodynastes, Conopias (provisoriamente), Phelpsia (provisoriamente), Myiozetetes, Griseotyrannus y Tyrannus.
[17] Las subespecies tienen comportamiento migratorio diferente, posiblemente representando dos especies separadas; se requieren más estudios.
[6] Según las clasificaciones del IOC[12] y Clements Checklist,[14] se reconocen dos subespecies, con su correspondiente distribución geográfica:[6]