Sus primeros años de ministerio sacerdotal los desempeñó en la Parroquia San Pedro y San Pablo ubicada en la comuna de La Granja en Santiago.
Luego, en el período 1994-2000, fue elegido como consejero general de la congregación, por lo cual se traslada a Roma.
Paralelamente entre los años 2006 y 2007 colabora en las actividades pastorales en la Parroquia de la Anunciación.
[5] El viernes 2 de marzo fue despedido en una misa que, debido a la gran cantidad de gente que asistió, se debió desarrollar en las afueras de la parroquias San Pedro y San Pablo.
Luego de la misa dieron su testimonio María Eugenia Moreno Laval, hermana de Enrique, y Candelaria Acevedo, hija de Sebastián Acevedo, quien dijo: «No he querido faltar a la despedida de un amigo que lo conocí cuando mi padre al tratar de buscarnos, nadie le daba respuestas recorriendo comisarías y retenes... pero ahí estaba Enrique, tendiéndole una mano a mi padre y a mi madre, dándole consuelo, fe y esperanza en que podía encontrarnos».